船舶壓載水檢測的生物活性判定問題：
目前對壓載水中多種混合活體生物的同時檢測方式有限，只能人為判定生物體的死活和數量，存在較大的誤差。同時，壓載水中存在的大量浮游動物會不聽浮動，容易造成重復計數或漏記，影響檢測工作的準確性。

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船舶壓載水檢測的采樣代表性問題：
由于壓載水中的活體生物呈現空間和時間上的差別，這導致在實際采樣中，如何確保采取的壓載水樣具有代表性成為一個難以解決的問題。
首先是采樣時間問題，船舶壓載水的大量取樣只能是在船舶停靠港口時，時間上難以協調，對單個壓載艙中的水可能只排放一部分，達不到IMO建議的只剩30%壓載水要求。
其次，目標壓載艙的選取也是個問題。船舶采排壓載水的情況很多，一般會停留3~4個港口，這導致不同壓載艙中的壓載水來源地有很大差異，壓載水存放的時間長短也不同。集裝箱、散貨船等船舶壓載水往往是來自不同海域的混合海水。
浮游生物 船舶壓載水檢測的采樣途徑問題：
現有的船舶在設計上并沒有預留壓載水的采樣口，因此，只能利用船上現有的壓載水艙接入方式，實現對大量壓載水的采樣。其途徑主要有：消防水龍頭、人孔、壓載水排放口、測深管、通氣口等。這些途徑的采樣便利程度如下：

• 防水龍頭在船上到處都有分布，采樣非常方便，且取樣時最能反映實際排放的壓載水中活體生物的情況，因此為最優選；
• 人孔常被貨物壓住，無法打開，采樣不便利；
• 壓載水排放口只在空載時在水線以上，采樣受限，且需要租用小型船只，操作不方便；
• 測深管采樣對船舶的正常運作干擾最小，但不適合大型船舶，只能對小型船舶選用此種采樣方式；
• 通氣口取樣速度較測深管采樣快，但部分通氣口中間呈S型，帶來不便，同樣存在抽取高程極限問題，只能對中小型船舶采取采樣工作；
• 貨艙取樣，主要是因為木片船或運礦船會利用一些貨艙作為壓載水艙，以增加船舶的吃水深度，因此采樣可直接采取貨艙中的壓載水樣；

船舶壓載水檢測的標準問題：
船舶壓載水檢測工作主要以IMO（國際海事組織）D-2標準為檢測標準。

• 對于個體尺寸≥50um的活體生物，D-2標準采用的限值為10個/m'，但該值遠低于一般壓載水中的生物濃度，甚至小于符合壓載水交換要求的壓載水中的生物濃度。
• 該船舶壓載水檢測標準只對活體生物的排放濃度做了限制，而沒有考慮到不同噸位的船一次排放的壓載水量差別很大，對于大船來說,有可能其濃度達到標準，但一次排放的活體生物總數卻很大，以致足夠帶來潛在的生物入侵風險；
• 該船舶壓載水檢測標準沒有對

每年有數以億噸的船舶壓載水被搬運至世界各地的港口，這意味著壓載水中攜帶的外來物種和病原體也隨之進入各地海域。未經檢測的船舶壓載水對本地物種多樣性、漁業發展、沿海娛樂場所、人類健康等都可能造成負面影響。為了解決這個潛在的問題，我國已加入《國際船舶壓載水和沉積物控制與管理條約》這一國際公約，并在制度和政策上對入港船舶壓載水檢測進行規范管理。 健明迪檢測是健明迪集團的第三方檢測機構，擁有多家分公司和專業的技術團隊，對壓載水管理系統原理及檢測標準進行深入研究，能夠進行現場取樣、快速檢測以及詳細分析等船舶壓載水檢測工作。

相比船舶排放硫氧化物的檢測，船舶壓載水檢測要復雜得多。船舶壓載水檢測工作在檢測標準、采樣途徑、采樣代表性、生物活性的判定上存在一些問題。